廈門南普陀寺名字的由來與觀世音菩薩有關，相傳觀世音菩薩在浙江普陀山通過觀聲音坐禪而成佛道，後人為了紀念觀世音菩薩的功德與成果，將普陀山奉為觀音菩薩道場。廈門島內的這座南普陀寺因觀世音菩薩法門的傳承與唯識宗的發揚光大在佛教界具有的一定的影響力而將此寺院認為是觀音菩薩的第二道場，廈門在浙江普陀山以南，故名為南普陀寺。